IBOK

BART는 Martin Uecker (Graz University of Technology), Jon Tamir (UT Austin), and Michael Lustig (UC Berkeley) 연구 그룹이 공동으로 개발한 MRI Reconstruction을 위한 Toolbox이다. 프로그래밍 라이브러리와 CLI 프로그램으로 구성되어 있으며, Parallel imaging과 compressed sensing에 사용할 수 있는 다차원 배열 연산, Fourier / wavelet 변환 등의 기능을 제공한다. (출처: 공식 홈페이지) 1. Install 참고: https://mrirecon.github.io/bart/installation.html BART Toolbox BART: Installation Fi..

TorchIO는 3D medical image의 loading, preprocessing, augmentation, patch-based sampling을 위한 오픈소스 파이썬 라이브러리이다. TorchIO PyPI downloads PyPI version Conda version Google Colab notebooks Documentation status Tests status Lint status Coverage status Code quality Maintainability pre-commit Slack Twitter Twitter commits ... torchio.readthedocs.io 설명에는 3D medical image라고 되어 있지만, 일반 3D 이미지에도 사용 가능하다. torch..

폴더 내의 dicom 파일들을 nifti 파일로 바꿔주는 파이썬 라이브러리이다. https://github.com/icometrix/dicom2nifti GitHub - icometrix/dicom2nifti Contribute to icometrix/dicom2nifti development by creating an account on GitHub. github.com 이렇게 편리한 라이브러리가 있었다니.. 역시 파이썬은 찾으면 편리한 것들이 너무 많다 그동안 일일이 전처리했던건 머리가 멍청하면 손이 고생하기 때문.. Install conda: conda install -c conda-forge dicom2nifti pip: pip install dicom2nifti Usage command line..

Pydicom package를 이용해 dcm 파일의 이미지와, 헤더 정보를 불러올 수 있다. import pydicom dcm_data = pydicom.read_file(file_path) 이미지 가져오기 - 이미지를 numpy array 형태로 가져온다. img = dcm_data.pixel_array - 추가로, CT image의 경우는 RescaleSlope, RescaleIntercept 정보를 가져와 pixel intensity 값을 조정해주어야 한다. - RescaleSlope는 각 pixel intensity값에 곱해주는 값, RescaleIntercept는 더해주는 값이라고 생각하면 된다. - pydicom의 get(attribute, default_value) method는 해당 att..

https://nipy.org/nibabel/coordinate_systems.html Neuroimaging in Python — NiBabel 3.0.2dev documentation Coordinate systems and affines A nibabel (and nipy) image is the association of three things: The image data array: a 3D or 4D array of image data An affine array that tells you the position of the image array data in a reference space. image metadata (dat nipy.org 위의 문서를 정리한 내용. [요약] - Image..