dicom 파일들을 nifti 파일로 바꿔주는 Python library 'dicom2nifti' (+일부 dicom 파일이 인식이 안되는 문제)

폴더 내의 dicom 파일들을 nifti 파일로 바꿔주는 파이썬 라이브러리이다.

https://github.com/icometrix/dicom2nifti

GitHub - icometrix/dicom2nifti

 

 

이렇게 편리한 라이브러리가 있었다니.. 역시 파이썬은 찾으면 편리한 것들이 너무 많다

그동안 일일이 전처리했던건 머리가 멍청하면 손이 고생하기 때문..

 

 

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Install

conda:

conda install -c conda-forge dicom2nifti

pip:

pip install dicom2nifti

 

 

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Usage

command line에서 다음과 같이 이용할 수 있다. 사용가능한 option들은 github이나 [-h] option 참고.

dicom2nifti dicom_directory output_directory

 

 

혹은 Python 내부에서 다음과 같이 사용할 수 있다.

import dicom2nifti

dicom2nifti.convert_directory(dicom_directory, output_directory)

 

dicom_directory는 dicom 파일들이 담겨있는 경로, output_directory를 변환된 nifti 파일들이 담길 경로로 지정해주면 된다.

 

 

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Example

실행 코드 :

import dicom2nifti

dicom_directory = './Data/1_01_P'
output_directory = './Data/nifti/1_01_P'
os.makedirs(output_directory, exist_ok=True)

dicom2nifti.convert_directory(dicom_directory, output_directory)

382개의 dicom 파일들이 3개의 nifti 파일로 정리된 것을 확인할 수 있다.

 

 

 

 

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(참고) 일부 dicom 파일이 인식이 안되는 문제

 

참고로 에러 log를 보고 싶은 경우는 logging level을 INFO로 낮춰주면 어떤 file에서 어떤 오류가 발생했는지 확인할 수 있다.

import logging
logging.basicConfig(level=logging.INFO)

 

CASE1. dicom 파일의 유효성 검사에서 fail한 경우

 

나는 사용하다가 문제가 생긴 지점이, 총 4개의 nii 파일이 생성되어야 하는데, 3개만 생성이 되었다..

뭐가 문제인가 싶어 살펴보니 코드 중에 유효한 dicom image 파일인지 검사하는 부분이 있었다.

 

...

dicom2nifti/convert_dir/_is_valid_imaging_dicom

 

위와 같이 dicom header에 몇 가지 attribute들이 있는지 검사하여 유효성을 검증하는 과정을 거치는데,

나의 경우 하나의 InstanceNumber이 빠져 있는 series가 있어 바로 건너뛰어버렸던 것이다..

 

결국 해당 series의 dicom header에 InstanceNumber을 모두 추가해 줌으로써 해결했다.

dicom viewer에서는 InstanceNumber이 없어도 잘 읽던데 이부분은 업데이트가 되었으면.. 😠

(몇시간 삽질해서 슬펐다)

 

 

CASE2. SLICE_INCREMENT_INCONSISTENT error가 발생한 경우

 

SLICE_INCREMENT_INCONSISTENT error가 발생하며 해당 Series를 건너뛰는 경우가 있다. 이는 slice 간의 간격이 일정하지 않을 때 발생되는 오류이다.

 

dicom2nifti/common/validate_slice_increment

 

이 error을 무시하고 convert하고 싶으면 setting에서 slice increment를 검사하지 않도록 할 수 있다.

아래 코드를 통해 setting을 변경할 수 있다. (출처-https://github.com/icometrix/dicom2nifti/issues/36)

import dicom2nifti.settings as settings
settings.disable_validate_slice_increment()